1964-1974
El CMT fue fundado en 1964 por el padre jesuita Juan Halligan, quien inició su trabajo en un gran desván junto al campanario de la Iglesia La Compañía con 200 niños limpiabotas y trabajadores de la calle que laboraban en el centro histórico de Quito; les brindó asistencia básica en las áreas de educación, alimentación, recreación y capacitación con talleres de zapatería y carpintería.

1974-1984
En esta década se inauguró la primera sede propia del CMT en el centro de Quito (La Marín) y se invitó a participar a la familia del niño trabajador en un programa integral de formación. Se ampliaron los servicios y programas incluyendo el centro infantil, educación de adultos y capacitación en varias ramas técnicas.
En 1981 se amplió la cobertura de nuestros servicios al entrar en funcionamiento las nuevas instalaciones del Centro del Muchacho Trabajador No 2 en el sector de Cotocollao al norte de la ciudad de Quito. El Centro ya contaba con 400 familias.

1984-1994
Esta etapa se caracterizó por los niveles de calidad y perfeccionamiento de nuestros talleres de educación técnica, lo cual mereció el reconocimiento y legalización de los títulos por parte de la Junta de Defensa del Artesano y del Ministerio de Educación.
Rescatamos e impulsamos la “minga” como instrumento de solidaridad y participación de las familias afiliadas para llevar adelante la construcción y mejoramiento de sus viviendas.

1994-2004
Ampliamos los servicios de salud con el Laboratorio Clínico e iniciamos los cursos de formación de Promotoras de salud.
Se organizó la Escuela de Negocios como complemento a las fases de producción de los talleres para que los productos elaborados puedan ser comercializados en mejores condiciones.
Parte fundamental del proyecto de consolidación de la gestión de nuestros participantes es el programa de capacitación de microempresarios y la entrega de préstamos en condiciones privilegiadas para dichas actividades.
En el año 2002 el CMT incorporó a sus actividades el Programa “Gota de Leche", producto de la donación del edificio y programa al CMT por la Sociedad Gota de Leche, como una iniciativa de la familia de la señora Maruja Fernández Salvador de Maynard.

2004 – 2008
Se creó la Oficina de Desarrollo para re-posicionar el nombre del CMT, sistematizar la experiencia, validarla y compartirla a fin de incidir en la acción pública sincerando la problemática del trabajo infantil y ofreciendo una metodología de desarrollo humano que contribuye a la erradicación de la pobreza y al reconocimiento social de la infancia trabajadora.
En el año 2006, se publicó un estudio externo de evaluación de impacto que muestra con cifras claras el resultado del trabajo constante que el CMT realiza a favor de sus beneficiarios, quienes han recibido una respuesta desde un abordaje integral del ser humano, de la persona con su entorno, con su familia, con sus problemas y también con sus sueños y sus derechos.